巢式PCR是一種變異的聚合酶鏈反應（PCR），其中兩對PCR引物用于擴增一個完整的片段。第一對引物的擴增片段與普通PCR相似。第二對引物稱為套式引物（因為它們在第一次PCR擴增中），并與第一次PCR產(chǎn)

巢式PCR是一種變異的聚合酶鏈反應（PCR），其中兩對PCR引物用于擴增一個完整的片段。第一對引物的擴增片段與普通PCR相似。第二對引物稱為套式引物（因為它們在第一次PCR擴增中），并與第一次PCR產(chǎn)物結合，使第二次PCR擴增比第一次短。巢式PCR的優(yōu)點是，如果在第一次擴增中產(chǎn)生了錯誤的片段，那么在第二次擴增中對錯誤片段進行引物配對和擴增的概率很低。因此，巢式PCR擴增具有很強的特異性。

巢式PCR中的引物怎么設計？

巢式PCR一般有兩對引物，一對外引物和一對內(nèi)引物。為方便起見，一般建議內(nèi)引物直接根據(jù)靶序列設計引物（與普通PCR引物設計方法相同），外引物根據(jù)靶序列兩端的序列設計引物，即上下游來回移動一些堿基來設計引物。內(nèi)外引物的設計應包含重疊區(qū)，一般為10bp。如果手頭只有目標序列，而且目標序列前后沒有序列信息，可以用普通引物作為外引物，然后從序列內(nèi)部設計一對內(nèi)引物。原理與以前相同，也應該包含10個左右的堿基重疊區(qū)。這時，因為你的內(nèi)引物PCR產(chǎn)物會少堿基序列，你可以設計第三對引物，這對引物是外引物和內(nèi)引物的剪接序列，然后PCR，缺失的堿基會被人為添加。