設(shè)計引物的時候，我比對氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對？我們需要設(shè)計退化引物，對嗎？最好使用CDs序列進行比對，然后根據(jù)保守區(qū)域設(shè)計簡并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不

設(shè)計引物的時候，我比對氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對？

我們需要設(shè)計退化引物，對嗎？

最好使用CDs序列進行比對，然后根據(jù)保守區(qū)域設(shè)計簡并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不適合設(shè)計引物。

從每個物種獲得的CD應(yīng)制作成FASTA格式，序列應(yīng)制作成純序列格式，沒有任何其他字符。與DNI、vector或其他工具（如atmen）進行比較。

我們可以通過在比較結(jié)果中找到非常保守的區(qū)域來設(shè)計簡并引物。

設(shè)計的簡并引物可根據(jù)經(jīng)驗公式自行計算TM值。別擔(dān)心得分。因為你只能在保守地區(qū)設(shè)計引物。

這是DNA序列比對。有保守區(qū)和非保守區(qū)。在我看來，底漆的3“端應(yīng)該位于最保守的區(qū)域。