請(qǐng)教分子力學(xué)與分子動(dòng)力學(xué)的區(qū)別？分子動(dòng)力學(xué)中有許多GROMACS，amber，namd，CHARMM，lammps。動(dòng)力學(xué)的最后一個(gè)基本分析是可以計(jì)算出來(lái)的一般有機(jī)化合物首選GROMACS，核酸模擬首

請(qǐng)教分子力學(xué)與分子動(dòng)力學(xué)的區(qū)別？

分子動(dòng)力學(xué)中有許多GROMACS，amber，namd，CHARMM，lammps。動(dòng)力學(xué)的最后一個(gè)基本分析是可以計(jì)算出來(lái)的

一般有機(jī)化合物首選GROMACS，核酸模擬首選amber，大系統(tǒng)（如幾十萬(wàn)到幾億個(gè)粒子）首選lammps。MS不是一個(gè)分子動(dòng)力學(xué)模擬的軟件，但是forcite和gulp模塊可以用于分子動(dòng)力學(xué)。

選擇哪種軟件取決于可以找到潛在表或力場(chǎng)的軟件。Gulp可以直接輸入位參數(shù)進(jìn)行計(jì)算，但其對(duì)位表的支持度不高，所能支持的位函數(shù)形式也有限，但在幾何優(yōu)化方面非常強(qiáng)大。實(shí)際上，它更像是一個(gè)分子力學(xué)軟件。我只用格羅馬克計(jì)算蛋白質(zhì)分子。它可以使用格羅莫斯，奧普薩阿和查姆力場(chǎng)。然而，我經(jīng)常遇到這樣的問(wèn)題：我找不到一些分子的力場(chǎng)參數(shù)。我需要找到我自己的工具來(lái)修理它。琥珀從未使用過(guò)它，只知道它的力場(chǎng)非常強(qiáng)大，并且對(duì)皮斯塔克的相互作用有一定的描述。我以前用Lammps來(lái)計(jì)算金屬，大部分都用過(guò)，相變和力學(xué)問(wèn)題都有計(jì)算，計(jì)算和仿真都很強(qiáng)大，但是建模和后處理功能比較弱，需要有很強(qiáng)的動(dòng)手能力，或者找其他工具和軟件支持，建議在使用前要有Bash和python的基礎(chǔ)，而且潛力表很少，需要去文獻(xiàn)中找參數(shù)做潛力表，或者用戶可以從美國(guó)的幾個(gè)網(wǎng)站下載。Lammps可以混合幾種不同形式的潛力，這是所謂的配對(duì)雜交。供您參考，祝您好運(yùn)。

分子動(dòng)力學(xué)模擬什么軟件比較好？

琥珀色；琥珀色調(diào)整。makeambergromacs是一個(gè)用于分子動(dòng)力學(xué)的通用軟件包，用于模擬包含數(shù)以億計(jì)粒子的系統(tǒng)的牛頓運(yùn)動(dòng)方程。特別適用于蛋白質(zhì)、油等具有大量復(fù)雜鍵相互作用的生物分子體系。然而，由于GROMACS在計(jì)算非鍵相互作用方面相當(dāng)快（這是模擬的主要部分），它也可以廣泛應(yīng)用于非生物系統(tǒng)，如聚合物。

amber和gromacs的區(qū)別？

它是系統(tǒng)的強(qiáng)大工具。該技術(shù)不僅可以獲得原子的運(yùn)動(dòng)軌跡，而且可以觀察到原子運(yùn)動(dòng)過(guò)程中的各種微觀細(xì)節(jié)。它是理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)的有力補(bǔ)充。它廣泛應(yīng)用于材料科學(xué)、生物物理學(xué)和藥物設(shè)計(jì)。但由于這些結(jié)果是通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬得到的，必須通過(guò)生物實(shí)驗(yàn)來(lái)驗(yàn)證

首先，分子動(dòng)力學(xué)方法是把原子和分子看作一個(gè)質(zhì)點(diǎn)，根據(jù)勢(shì)函數(shù)和位置得到相互作用力，通過(guò)牛頓定律得到加速度，然后通過(guò)初始狀態(tài)（位置和速度）得到下一時(shí)刻的位移和速度。

利用能量均分定理將系統(tǒng)的平均動(dòng)能與溫度聯(lián)系起來(lái)，得到系統(tǒng)的計(jì)算溫度。

然后，通過(guò)自一致性，可以根據(jù)設(shè)定的集合條件調(diào)整溫度、體積或能量。完成計(jì)算過(guò)程。

因此，分子動(dòng)力學(xué)必須以牛頓力學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)和熱力學(xué)為基礎(chǔ)。