如何用mega做多重序列比對分析？Mega5構建系統(tǒng)發(fā)育樹NJ和MP。鄰接距離矩陣（NJ）是構建系統(tǒng)發(fā)育樹最常用的方法。它可以快速構建系統(tǒng)發(fā)育樹，也適合于大數(shù)據(jù)集的分析，可以快速進行自擴展測試，但缺點

如何用mega做多重序列比對分析？

Mega5構建系統(tǒng)發(fā)育樹NJ和MP。鄰接距離矩陣（NJ）是構建系統(tǒng)發(fā)育樹最常用的方法。它可以快速構建系統(tǒng)發(fā)育樹，也適合于大數(shù)據(jù)集的分析，可以快速進行自擴展測試，但缺點是分析的進化距離不能太大。最大簡約法在處理核苷酸替換時不需要距離法或似然法的假設，因此在序列離散度較低時，最大簡約法可以得到更可靠的系統(tǒng)發(fā)育樹。

序列比對需要一樣長么？在使用mega4.0對比的時候，需要序列一樣長么，如果需要那么怎么修改已測序列呢？

比較的時間應該不同。在分析距離或系統(tǒng)樹時，可以選擇完全或成對刪除間隙/缺失數(shù)據(jù)項。

應該刪除引物序列，因為它是我們自己設計的。

設計引物的時候，我比對氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對？

我們需要設計退化引物，對嗎？

最好使用CDs序列進行比對，然后根據(jù)保守區(qū)域設計簡并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不適合設計引物。

從每個物種獲得的CD應制作成FASTA格式，序列應制作成純序列格式，沒有任何其他字符。然后與比較軟件進行比較，如mega、dnaman或vector-NTI。

我們可以通過在比較結果中找到非常保守的區(qū)域來設計簡并引物。

設計的簡并引物可根據(jù)經(jīng)驗公式自行計算TM值。別擔心得分。因為你只能在保守地區(qū)設計引物。

這是DNA序列比對。有保守區(qū)和非保守區(qū)。在我看來，底漆的3“端應該位于最保守的區(qū)域。

怎樣對DNA多重序列比對結果分析？

你的工作應該是在一個物種中找到一個基因的直系同源，然后做進化樹。有許多軟件可以做多重序列比對。我在dnaman中使用比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對比對。我想給你推薦一些軟件。一個是clustalx，另一個是Mega。兩種軟件都可以用于蛋白質多序列比對，而后者功能更強，也可以用于進化樹分析。將從NCBI找到的所有CD導入軟件（通常，蛋白質序列用于同源性分析）。然后與軟件進行比較。結果可以以各種形式輸出，如FASTA或其他格式。我在這里不多談這個軟件的用法。我得看一下特別手冊。如果你還是不明白，給我留言