簡并引物簡并度計算方法？簡并引物是指代表編碼單個氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。簡并度越低，產物特異性越強

簡并引物簡并度計算方法？

簡并引物是指代表編碼單個氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。簡并度越低，產物特異性越強，設計引物時應盡量選擇簡并性小的氨基酸，并避免引物3’末端簡并。

各位大神，求助大神們怎么設計簡并引物？

中文名稱：簡并引物英文名稱： degenerate primer 定義：獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案，特點是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的堿基，結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物. 應用學科：生物化學與分子生物學（一級學科）；方法與技術（二級學科）

如何進行引物設計？

如果這一對通用引物沒有信號，說明你這個菌在這兩個位置有snp，導致擴增不出來。幾個方法可以參考一下。

1:你們大概知道這個菌的種屬，那么就去ncbi上找近緣物種的16s序列，做序列比對，設計簡并引物，擴增出全長，測序。

2:你們完全不知道種屬，上網多找?guī)讓νㄓ靡?，最好是擴增V3V4區(qū)或者V4區(qū)的，擴增出部分再去測序比對，一般能確認屬，再按照1的方法做。

3:在方法2能擴增部分序列但是設計全長引物擴增失敗的情況下，利用得到的部分序列做race。

4:前面全部失敗，提取DNA做2代測序，直接測基因組（如果覺得成本太高，可以少測點數據量，夠比較就可以了）。