簡(jiǎn)并引物簡(jiǎn)并度計(jì)算方法？簡(jiǎn)并引物是指代表編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡(jiǎn)并性。簡(jiǎn)并度越低，產(chǎn)物特異性越強(qiáng)

簡(jiǎn)并引物簡(jiǎn)并度計(jì)算方法？

簡(jiǎn)并引物是指代表編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡(jiǎn)并性。簡(jiǎn)并度越低，產(chǎn)物特異性越強(qiáng)，設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)盡量選擇簡(jiǎn)并性小的氨基酸，并避免引物3’末端簡(jiǎn)并。

各位大神，求助大神們?cè)趺丛O(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物？

中文名稱：簡(jiǎn)并引物英文名稱： degenerate primer 定義：獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設(shè)計(jì)方案，特點(diǎn)是所設(shè)計(jì)的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個(gè)或兩個(gè)以上不同的堿基，結(jié)果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物. 應(yīng)用學(xué)科：生物化學(xué)與分子生物學(xué)（一級(jí)學(xué)科）；方法與技術(shù)（二級(jí)學(xué)科）

如何進(jìn)行引物設(shè)計(jì)？

如果這一對(duì)通用引物沒(méi)有信號(hào)，說(shuō)明你這個(gè)菌在這兩個(gè)位置有snp，導(dǎo)致擴(kuò)增不出來(lái)。幾個(gè)方法可以參考一下。

1:你們大概知道這個(gè)菌的種屬，那么就去ncbi上找近緣物種的16s序列，做序列比對(duì)，設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，擴(kuò)增出全長(zhǎng)，測(cè)序。

2:你們完全不知道種屬，上網(wǎng)多找?guī)讓?duì)通用引物，最好是擴(kuò)增V3V4區(qū)或者V4區(qū)的，擴(kuò)增出部分再去測(cè)序比對(duì)，一般能確認(rèn)屬，再按照1的方法做。

3:在方法2能擴(kuò)增部分序列但是設(shè)計(jì)全長(zhǎng)引物擴(kuò)增失敗的情況下，利用得到的部分序列做race。

4:前面全部失敗，提取DNA做2代測(cè)序，直接測(cè)基因組（如果覺(jué)得成本太高，可以少測(cè)點(diǎn)數(shù)據(jù)量，夠比較就可以了）。