edger包使用教程？edger包是進(jìn)行RNA-seq數(shù)據(jù)分析的很具體方法的一個(gè)R包。edger包要鍵入每個(gè)基因跪求每個(gè)樣本的reads數(shù)的數(shù)據(jù)，4行填寫一個(gè)基因，每一列按一個(gè)樣本。安裝edger包先

edger包使用教程？

edger包是進(jìn)行RNA-seq數(shù)據(jù)分析的很具體方法的一個(gè)R包。

edger包要鍵入每個(gè)基因跪求每個(gè)樣本的reads數(shù)的數(shù)據(jù)，4行填寫一個(gè)基因，每一列按一個(gè)樣本。

安裝edger包先啟動(dòng)時(shí)R，接著運(yùn)行下面代碼：

if(!requireNamespace(#34BiocManager#34,quietly TRUE))

(#34BiocManager#34)

BiocManager::install(#34edgeR#34)

不使用edgeR

library(edgeR)

REF

_yang/article/details/78118257

ago2的rip實(shí)驗(yàn)原理？

1.用抗體或表位標(biāo)記物去捕獲細(xì)胞核內(nèi)或細(xì)胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA增強(qiáng)蛋白。

2.避兔非特異性的RNA的生克制化。

3.免疫沉淀把RNA增強(qiáng)蛋白非盈利組織會(huì)計(jì)加強(qiáng)的RNA一同分離出來出。

4.結(jié)合的RNA序列通過microarray（RIP-Chip），定量精準(zhǔn)RT-PCR或高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定。

什么叫有參基因組和無參基因組？

有參基因組和無參基因組象絕對不會(huì)不能拿來這樣定義，應(yīng)該是在做轉(zhuǎn)錄組測序的時(shí)候的怎么分辨，主要注意是涉及到兩個(gè)后續(xù)分析的差異。

在RNA測序中，特別是轉(zhuǎn)錄組測序的時(shí)候，導(dǎo)致基因在DNA水平上乾坤二卦有外顯子和內(nèi)含子，在轉(zhuǎn)錄為mRNA（RNA）的時(shí)候，完全成熟的RNA會(huì)將內(nèi)含子的片段拷貝掉，拼接為長大成熟mRNA。

所以我題中我們再進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序的時(shí)候，沒有參考基因組DNA序列的時(shí)候，就沒法檢測到RNA差別樣本之間表達(dá)量和序列之間的差異，但是要先做denovo組裝，分析的難度會(huì)加大很多，準(zhǔn)確度也會(huì)比有參考序列的法測定差。

而題中該物種已被denovo測過全基因組并連成參考序列，這樣會(huì)有更多的重測序分析方法可以應(yīng)用到于該轉(zhuǎn)錄組的分析過程，最明顯的是是可以做可變內(nèi)容復(fù)制，講mRNA編輯過程的多樣性，是因?yàn)椴⒉灰欢ㄒ粭lmRNA會(huì)會(huì)出現(xiàn)含有拷貝結(jié)果，形成指導(dǎo)功能上很有可能相同的蛋白質(zhì)的翻譯，最大限度地達(dá)到操縱細(xì)胞功能再一次發(fā)生變化的過程，這相對于研究生物的動(dòng)態(tài)調(diào)節(jié)、在不同條件下的差異化表達(dá)，在內(nèi)腫瘤的形成和發(fā)展來說尤為重要。

因此，我感覺也可以這么大來回答這個(gè)問題：

有參基因組是指也通過基因測序，將物種的整個(gè)基因組的序列測序并不能形成參考序列的基因組。

無參基因組是指尚沒有該物種的基因組的參考序列的基因組。

基因組做過全部測序的就是有參基因組，就像模式生物全是有參基因組，比如說，人，小鼠，大鼠，斑馬魚，擬南芥等等。其他就是無參，舉例說，轉(zhuǎn)錄組測序后，如果是無參基因組，會(huì)很難用RNA-seq的結(jié)果直接總結(jié)，畢竟沒有已知的基因組數(shù)據(jù)以及依據(jù)，沒法原先拼接，這樣的就像一般稱denova.