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miRNA熒光定量PCR中的內(nèi)參用什么?
mirna的熒光定量pcr可以使用肌動蛋白作為內(nèi)參。miRNA可以通過與轉(zhuǎn)錄物的相互作用來關(guān)閉或抑制基因表達。最近的研究表明,它們影響大約30%的基因。MiRNA在許多組織中差異表達,這使得表達譜的分析成為研究的熱點。同時,miRNA的過表達和抑制也是近年來常用的研究方法。我知道并且用過的u6參照基因只有兩個:RNu6-1和RNu6-2。前者就是常見的U6,后者有時也叫u6b。在我的大鼠RNA樣本中,U6的表達量有點過高,u6b的Cq值接近我的靶miRNA,穩(wěn)定性良好。但這些對植物樣本中參照基因的選擇沒有指導意義。為了測定植物中的U6,更快的方法是找到關(guān)于這一主題的文獻綜述。如果沒有人寫過這樣的綜述,你就得去數(shù)據(jù)庫找所有的序列,自己對比。至于參考基因的選擇,你必須確定在特定樣本中的表達水平是穩(wěn)定的,其他文獻報道的參考基因不一定適合你的樣本。在做一個新項目的時候,一般會選擇3-5個常用的參考基因,經(jīng)過PCR檢測后選擇。
rna三條帶分別代表什么?
提取的總RNA有三條由大到小的條帶。三個是主要波段。
哺乳動物RNA包括mRNA、rRNA、tRNA和du小RNA。根據(jù)分子量和沉降系數(shù)的不同,rRNA在RNA含量上可分為28s、18s和5.8s,rRNA是幾種RNA中最多的,高達90%以上,而mRNA很少,只有1-2%,而另外兩種RNA的分子量相對較小,這就解釋了為什么從凝膠電泳的結(jié)果上只能看到三條帶。這三條帶的完整性代表了mRNA的完整性。
RNA電泳可以在變性和非變性條件下進行。非變性電泳用的是1.0%-1.4%的凝膠,不同的RNA帶可以分離,但無法判斷其分子量。只有在完全變性的情況下,RNA的流動性才與分子量的對數(shù)成線性關(guān)系。
因此,在測定RNA的分子量時,必須使用變性凝膠。當需要快速檢測總RNA樣品的完整性時,常見的1%瓊脂糖凝膠就夠了。
生物體內(nèi)一般含有核糖體RNA(r RNA)、RNA(mRNA)和轉(zhuǎn)運RNA(tRNA),其中rRNA含量最多,從組織中提取總RNA獲得最多的是rRNA。真核生物含有5S、5.8S、18S和28S,原核生物含有5S、16S和23S。一般5S、18S、28S在植物組織中比較常見。
s代表沉淀系數(shù)。當通過超速離心測定顆粒的沉降速度時,該速度與顆粒大小成正比。5S、18S和28S分別有120、1900和4700個核苷酸。