如何通過GenStat實現(xiàn)GGE雙標圖
雙標圖是農(nóng)作物多點試驗數(shù)據(jù)分析中常用的方法之一。雖然有一個名為GGE-biplot的軟件可以繪制雙標圖，但缺乏相關(guān)的使用教程，不太方便操作。而GenStat軟件完全可以實現(xiàn)相同的功能。本文將介紹如何通
雙標圖是農(nóng)作物多點試驗數(shù)據(jù)分析中常用的方法之一。雖然有一個名為GGE-biplot的軟件可以繪制雙標圖，但缺乏相關(guān)的使用教程，不太方便操作。而GenStat軟件完全可以實現(xiàn)相同的功能。本文將介紹如何通過GenStat來實現(xiàn)GGE雙標圖。
雙標圖的應用領(lǐng)域
雙標圖在以下領(lǐng)域有廣泛的應用：
- 品種評價-環(huán)境兩向表
- 基因表達數(shù)據(jù)
- QTL效應-環(huán)境兩向表
- 品種-性狀兩向表
- 雙列雜交兩向表
- 寄主-病原物兩向表
- 基因型-遺傳標記數(shù)據(jù)
- 環(huán)境條件-作物性狀兩向表
- 試驗地點-氣候土壤因素兩向表
本文將針對四種不同類型的雙標圖進行解讀，以展示如何通過GenStat軟件達到相同的效果。
Which-Won-Where View
Which-Won-Where View主要用于確定哪個品種在哪個環(huán)境中表現(xiàn)最好。以下是通過GenStat實現(xiàn)該視圖的步驟：
- 將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為三列：品種、地點和產(chǎn)量。
- 打開GenStat軟件，并找到相關(guān)的模型界面。
- 選擇Which-Won-Where View，即哪個品種在哪個環(huán)境中是最好的。
- 根據(jù)結(jié)果解讀，連接各個方向上距離最遠的點，將雙標圖分為五個扇區(qū)。品種在每個扇區(qū)都有分布，其中一組品種在E5和E7環(huán)境中表現(xiàn)最好，其余品種在其他環(huán)境中表現(xiàn)最好。
Environmental Vector View
Environmental Vector View主要用于分析不同試驗點之間的相似性。以下是通過GenStat實現(xiàn)該視圖的步驟：
- 將產(chǎn)量數(shù)據(jù)導入Y-variate框，將品種數(shù)據(jù)導入Genotype框，將環(huán)境數(shù)據(jù)導入Environments框，并在Options中勾選Connect environment scores with origin。
- 根據(jù)結(jié)果解讀，從中心到各個環(huán)境做一條線段。兩線段之間的夾角的余弦值表示它們的相關(guān)系數(shù)。夾角小于90度表示正相關(guān)，大于90度表示負相關(guān)，等于90度表示不相關(guān)。線段長度表示試驗點對品種的區(qū)分能力。
Discriminating Ability VS Representativeness View
Discriminating Ability VS Representativeness View用于評估試驗點的區(qū)分能力和代表性。以下是通過GenStat實現(xiàn)該視圖的步驟：
- 根據(jù)GenStat模型繪制雙標圖，并增加平均環(huán)境軸和中心點之間的直線。
- 根據(jù)結(jié)果解讀，試驗點線段和平均環(huán)境軸的角度表示其對目標環(huán)境的代表性。角度越小，代表性越強。線段長度表示試驗點對品種的區(qū)分能力。
- 根據(jù)區(qū)分能力和代表性評價，只有既具有區(qū)分能力又具有代表性的試驗點才可以作為最佳選擇。
Mean VS Stability View
Mean VS Stability View用于評估品種的高產(chǎn)性和穩(wěn)產(chǎn)性。以下是通過GenStat實現(xiàn)該視圖的步驟：
- 根據(jù)GenStat模型繪制雙標圖，并增加平均環(huán)境軸和與品種點垂直的直線。
- 根據(jù)結(jié)果解讀，環(huán)境平均軸表示品種在所有環(huán)境下的平均產(chǎn)量走向。與平均環(huán)境軸垂線的長度表示品種的穩(wěn)定性。
- 綜合考慮產(chǎn)量和穩(wěn)定性指標，選擇具有高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)特點的品種。
通過GenStat軟件，我們可以實現(xiàn)GGE雙標圖并解決品種生態(tài)區(qū)劃分、品種評價和試驗點評價等問題。