安裝lammps前需要安裝fftw和mpich嗎？必須記住安裝路徑。編譯lammps時，需要修改makefile。G文件。您需要使用fftw和MPICH的路徑。另外，系統(tǒng)還需要安裝g，或者直接安裝bu

安裝lammps前需要安裝fftw和mpich嗎？

必須記住安裝路徑。編譯lammps時，需要修改makefile。G文件。您需要使用fftw和MPICH的路徑。另外，系統(tǒng)還需要安裝g，或者直接安裝build sential。fftw最好使用2-1.5版本，MPICH最好使用2-1.5版本。建議不要在筆記本電腦上運(yùn)行l(wèi)ammps，這樣會對筆記本電腦造成很大傷害。用筆記本電腦測試是可行的。一般來說，lammps的計算量很大，需要數(shù)百萬步。用一個CPU計算太慢，所以lammps通常是并行版本，這意味著可以使用多個CPU同時執(zhí)行相同的計算。當(dāng)有計算任務(wù)時，先用腳本測試腳本是否可以運(yùn)行，用VMD檢查模型是否符合您的要求，如果沒有問題，再帶到桌面上運(yùn)行。fftw的安裝路徑可以自己選擇，但如果不在主文件夾中，則需要作為根目錄安裝。如果安裝過程中沒有錯誤，則安裝成功。

lammps該怎么入門？

我忘了我在研究生畢業(yè)后用過lammps?，F(xiàn)在我已經(jīng)工作十年了。我一直在研究所從事結(jié)構(gòu)動力學(xué)實驗。我差點(diǎn)忘了。我不敢相信，當(dāng)我讀到我的論文和之前的幾十個G文獻(xiàn)和計算數(shù)據(jù)時，我自己也這么做了。

這里我只能提供一個想法。我真的忘了細(xì)節(jié)。首先，在使用lammps時，我們需要熟悉分子動力學(xué)。我們是一名兩年半的研究生。在我大四的第一年，我從事有限元計算。第二年，我花了將近一年的時間閱讀分子動力學(xué)相關(guān)的文獻(xiàn)，但我什么也沒做。第三年，我開始計算和寫論文，半年就完成了。我覺得雖然碩士課程很淺，但我的基礎(chǔ)還是比較扎實的。

在大學(xué)里，我喜歡扔Linux發(fā)行版。筆記本已格式化n次。實際上，學(xué)習(xí)Linux的過程已經(jīng)省略了，所以我可以直接編譯lammps。

程序從官方網(wǎng)站下載最新版本，勢函數(shù)記不清在哪里找，基本根據(jù)文獻(xiàn)，還試著自己寫勢函數(shù)，結(jié)合atom和VMD可視化，用MATLAB分析，源代碼繪圖，基本夠用。

學(xué)習(xí)路徑基本上是由易到難，先做最簡單的例子，然后需要在文獻(xiàn)中重現(xiàn)結(jié)果，根據(jù)自己的題目選擇合適的勢函數(shù)，需要做大量的驗證，包括材料參數(shù)的計算，結(jié)晶過程的計算等。當(dāng)然，我們必須根據(jù)計算機(jī)的計算能力來確定計算規(guī)模。

如果不懂，可以查文獻(xiàn)，查文獻(xiàn)，查文獻(xiàn)。一開始我也在小木蟲論壇，里面有很多神。總之，如果你試著多做些例子，你就可以開始了。

現(xiàn)在我基本上是外行了。如果我說錯了什么，我會原諒你的。目前，還可以討論結(jié)構(gòu)動力試驗的相關(guān)問題。

lammps中怎么固定一族原子？

您可以使用dump命令，添加FX、FY和FZ。這三項是力在三個方向上對每個原子的分量。例如：dump 2 subgroup custom 1000轉(zhuǎn)儲.atomID FX FY FZ lammps將每1000個時間步改變稱為“子群”的群中所有原子的序列號和三個方向上的應(yīng)力